Τα Μυστήρια της Εκκλησίας, σύμφωνα με τις Θείες Γραφές, είναι επτά:

Η Ιεροσύνη, η οποία είναι η διακονία όλων των άλλων Μυστηρίων
Το Άγιο Βάπτισμα
Το Έλαιο της Ευχελαίου
Η Προσφορά του Σώματος και Αίματος του Χριστού
Η Άφεση Αμαρτιών
Το Άγιο Προζύμι, δηλαδή ο βασιλιάς
Το σημείο του ζωοποιού Σταυρού

Τα Μυστήρια της Εκκλησίας είναι απαραίτητα λόγω των ανθρώπινων αναγκών στο υλικό επίπεδο. Για να ζήσει και να λειτουργήσει κανείς σε αυτόν τον κόσμο, πρέπει να προέρχεται από επίγειους γονείς, ωστόσο η αληθινή ουσία και πληρότητα της ανθρωπότητας προέρχονται από τον Θείο Πατέρα των Φώτων.

Η Ιεροσύνη χρησιμεύει ως ζωτικός μεσολαβητής μεταξύ Θεού και ανθρωπότητας, εστιάζοντας στην παροχή συγγνώμης, στη χορήγηση ευλογιών και στην κατευνασμό της θείας οργής. Μπορεί να κατηγοριοποιηθεί σε δύο τύπους: την ατελή μορφή υπό τον νόμο και την τέλεια μορφή εντός της Εκκλησίας. Το θεμέλιο αυτής της Ιεροσύνης στην Εκκλησία ριζώνεται στη διακήρυξη του Κυρίου προς τον Άγιο Πέτρο στην Καισάρεια του Φιλίππου: «Θα σου δώσω τα κλειδιά της βασιλείας των ουρανών· ό,τι δέσεις στη γη θα είναι δεμένο στους ουρανούς, και ό,τι λύσεις στη γη θα είναι λυμένο στους ουρανούς». Η δομή της ενισχύεται περαιτέρω από την εντολή «Βόσκε τα αρνία μου, βόσκε τα πρόβατά μου, βόσκε τα προβατίνες μου», και η τελική ολοκλήρωσή της σημαίνεται όταν Εκείνος είπε: «Λάβετε Πνεύμα Άγιο· αν συγχωρήσετε τις αμαρτίες κάποιου, του συγχωρούνται· αν δεν τις συγχωρήσετε, δεν συγχωρούνται». Η παλαιά Ιεροσύνη, βασισμένη στην καταγωγή και όχι στην αξία, αντιπαραβάλλεται με τη νέα Ιεροσύνη, η οποία παρέχεται μέσω αποστολικής διαδοχής και της επίθεσης των χειρών σε όσους κρίνονται άξιοι αφού εξεταστεί η ζωή και οι πίστεις τους, όπως αναφέρεται: «Αυτοί ας δοκιμάζονται πρώτα, και τότε ας υπηρετούν, εφόσον βρεθούν άμεμπτοι». Η διάκριση μεταξύ της παλαιάς και της νέας Ιεροσύνης είναι σαφής, λαμβάνοντας υπόψη ότι τόσο δίκαιοι όσο και κακοί γονείς μπορούν να έχουν παιδιά με αντίθετα ηθικά χαρακτηριστικά. Η πρώτη χειροτονούνταν μέσω σωματικής χρίσης, ενώ η δεύτερη αγιάζεται από την πνευματική χρίση του Πνεύματος. Για όσους επιθυμούν την Ιεροσύνη, οι οδηγίες του Αποστόλου Παύλου προσφέρουν έναν ολοκληρωμένο κατάλογο. Ένας υποψήφιος πρέπει να είναι άμεμπτος, μονόγαμος, διανοητικά οξυδερκής, σεμνός, φιλόξενος, ικανός στη διδασκαλία, εγκρατής, υπομονετικός, ειρηνικός, μη φιλοχρήματος, και να διαχειρίζεται καλά τον οίκο του, αντικατοπτρίζοντας την ικανότητά του να φροντίζει την Εκκλησία του Θεού. Δεν πρέπει να είναι πρόσφατος προσήλυτος ώστε να αποφεύγεται η υπερηφάνεια, και πρέπει να έχει καλή φήμη ανάμεσα στους εκτός της Εκκλησίας ώστε να αποφεύγεται η ντροπή. Οι Διάκονοι επίσης πρέπει να ενσαρκώνουν αγνότητα, εντιμότητα, εγκράτεια και ακεραιότητα, διατηρώντας την πίστη τους με καθαρή συνείδηση. Όλοι οι βαθμοί εντός της Ιεροσύνης πρέπει να δοκιμάζονται αυστηρά ως προς την καταλληλότητά τους πριν τους επιτραπεί να διακονήσουν, διασφαλίζοντας ότι είναι ανεπίληπτοι.

Το Βάπτισμα περιλαμβάνει κατάδυση και καθαρισμό με νερό, και μπορεί να κατηγοριοποιηθεί σε πέντε διακριτούς τύπους: Πρώτον, ο βασικός σωματικός καθαρισμός κοινός σε όλους. Δεύτερον, οι τελετουργικές πλύσεις όπως ορίζονται από τον θρησκευτικό νόμο, οι οποίες πιστεύεται ότι καθαρίζουν τα άτομα πνευματικά από σωματικές ακαθαρσίες. Τρίτον, οι πρακτικές που βασίζονται στις παραδόσεις των πρεσβυτέρων, όπως το πλύσιμο σκευών και η προσωπική υγιεινή μετά από επισκέψεις στην αγορά. Τέταρτον, το βάπτισμα του Ιωάννη, που εστιάζει στη μετάνοια και την άφεση αμαρτιών. Πέμπτον, το βάπτισμα του Χριστού, το οποίο, μέσω του Αγίου Πνεύματος, χορηγεί το χάρισμα να γίνει κανείς τέκνο του Θεού, υπόσχεται ανάσταση και αιώνια ζωή, και συμβολίζει την πνευματική κάθαρση, παρόμοια με την περιτομή της καρδιάς από τον Χριστό. Το πρωταρχικό στοιχείο του Βαπτίσματος είναι το καθαρό νερό, απαραίτητο για την αναγέννηση τόσο στο νερό όσο και στο Πνεύμα προκειμένου να εισέλθει κανείς στη βασιλεία του Θεού. Όταν εξετάζεται η αγιότητα και η μυστηριακή ουσία καθενός από τα Επτά Μυστήρια, αναγνωρίζουμε τρία αγιαστικά στοιχεία: Πρώτον, έναν νόμιμο ιερέα, χειροτονημένο σύμφωνα με τις οδηγίες της Εκκλησίας. Δεύτερον, τον αυθεντικό λόγο και την εντολή του Κυρίου των Μυστηρίων, υπό την εντολή του οποίου καθιερώθηκε κάθε μυστήριο. Τρίτον, την ειλικρινή πρόθεση και τη σταθερή πίστη των συμμετεχόντων, που εμπιστεύονται τη θεία δύναμη που πραγματοποιεί τα μυστήρια.

Το Έλαιο της Ευχελαίου, μια παράδοση που χρονολογείται από τους Αποστόλους, έχει μεταδιδόμενο συνεχώς εντός της Εκκλησίας του Θεού. Η σημασία του φωτίζεται τόσο από τις φυσικές ιδιότητές του όσο και από τις βιβλικές διδασκαλίες. Η Βίβλος αποκαλύπτει ότι στους αρχαίους χρόνους, όσοι ορίζονταν για επίγεια ιεροσύνη ή βασιλεία χρίονταν με έλαιο ευχελαίου. Ομοίως, στις πρακτικές μας, όσοι αφιερώνονται στην επουράνια βασιλεία και την αληθινή ιεροσύνη χρίονται με αυτό το βαθιά συμβολικό έλαιο. Αυτή η χρίση τους ευθυγραμμίζει με τον Χριστό, τον υπέρτατο Χρισμένο, του οποίου οι θείες και ανθρώπινες φύσεις είναι ενωμένες. Όπως λέει η Γραφή, «Σε έχρισε ο Θεός, ο Θεός σου, με έλαιο αγαλλίασης πιο πολύ από τους συντρόφους σου». Ο Χριστός είναι ταυτόχρονα η πηγή της χρίσης (ο Χρίων) μέσω της θεότητάς Του και ο αποδέκτης (ο Χρισμένος) στην ανθρώπινη μορφή Του. Λαμβάνοντας υπόψη τις φυσικές ιδιότητες του ελαίου, διακεκριμένοι καλλιτέχνες παραδοσιακά εφαρμόζουν λάδι στα ολοκληρωμένα έργα τους για να τα προστατεύσουν από φθορά και βλάβη. Ομοίως, όσοι έχουν πλασθεί κατ' εικόνα του Επουράνιου Βασιλέα χρίονται για να προστατεύονται από τις κοσμικές δοκιμασίες και τις πνευματικές αντιξοότητες. Το Έλαιο της Ευχελαίου αποτελείται από καθαρό ελαιόλαδο, και η καθαγίαση του προέρχεται από την αποστολική ευλογία.

Η Προσφορά είναι μια τελετουργία που τελείται από τους πιστούς για να τιμήσουν ανώτερες δυνάμεις, χρησιμοποιώντας υλικά στοιχεία με την ελπίδα της άφεσης αμαρτιών και της εκπλήρωσης προσευχών. Οι αρχαίες προσφορές περιλάμβαναν τη θυσία ζώων και του αίματός τους, αλλά στην παράδοσή μας, είναι ο Ιησούς, ο Μονογενής Υιός του Θεού, που θυσίασε το Σώμα Του για τη σωτηρία του κόσμου. Αυτή η πράξη συμφωνεί με την περιγραφή του Ιωάννη για τον Ιησού ως «τον Αμνό του Θεού που σηκώνει τις αμαρτίες του κόσμου». Το αίμα Του αντιπροσωπεύει τη νέα διαθήκη, που χύθηκε για πολλούς προς άφεση αμαρτιών. Η θυσία Του, μια προσφορά ζωντανού, λογικού όντος, συμβίβασε τον κόσμο με τον Θεό, φέρνοντας σωτηρία τόσο στους αγγέλους όσο και στους ανθρώπους. Αναγνωρίζοντας την αδυνατότητα να επαναλαμβάνεται η Σταύρωσή Του παγκοσμίως και αδιάκοπα, ο Ιησούς, με συμπόνοια και σοφία, καθιέρωσε μια συμβολική και αληθινή πρακτική. Τη νύχτα που παραδόθηκε, πήρε άρτο με τα άγια χέρια Του, τον ευλόγησε και τον έκοψε, δίνοντάς τον στους μαθητές Του ως αναπαράσταση του Σώματός Του που θυσιάστηκε για τον κόσμο. Έκανε το ίδιο με το ποτήριο, συμβολίζοντας το Αίμα Του της νέας διαθήκης. Τους πρόσταξε να συνεχίσουν αυτή την πράξη στη μνήμη Του. Με την εντολή Του, ο άρτος μεταβάλλεται στο Άγιο Σώμα Του, και ο οίνος στο Τίμιο Αίμα Του, προσφέροντας στους πιστούς άφεση, καθαρισμό και την ελπίδα ανάστασης και αιώνιας ζωής. Λαμβάνοντας αυτά τα μυστήρια, οι πιστοί συναντούν τον ίδιο τον Χριστό, ενωνόμενοι μαζί Του καθώς το Σώμα Του ενσωματώνεται με το δικό τους, και το Αίμα Του αναμειγνύεται με το δικό τους. Αυτό το μυστήριο, όπως ορίστηκε από τον Χριστό, χρησιμοποιεί σιτάρι (άρτο) και οίνο, κατάλληλα σύμβολα για το σώμα και το αίμα. Η αγιότητά του προκύπτει από τα ζωοποιά Του λόγια και την κάθοδο του Αγίου Πνεύματος.

Η ανθρωπότητα είναι επιρρεπής στο να κάνει λάθη και να υποκύπτει στην αμαρτία, και είναι σχεδόν αναπόφευκτο ότι ο καθένας θα αντιμετωπίσει πνευματικές ασθένειες σε κάποιο σημείο. Για να αντιμετωπιστεί αυτό, έχει καθιερωθεί η θεραπευτική ιεροσύνη ώστε να προσφέρει συγχώρεση ελεύθερα, όπως αναφέρεται: «Αν συγχωρήσετε σε έναν άνθρωπο τις αμαρτίες του, θα του συγχωρηθούν». Αναγνωρίζεται ότι «όσοι είναι υγιείς δεν έχουν ανάγκη γιατρού, αλλά όσοι είναι άρρωστοι», και «δεν ήρθα να καλέσω τους δικαίους, αλλά τους αμαρτωλούς σε μετάνοια». Αυτό το μήνυμα ενισχύεται μέσω τριών παραβολών – του Ασώτου Υιού, του Χαμένου Προβάτου, και των Δύο Χρεοφειλετών – οι οποίες αποσκοπούν στο να ενισχύσουν την ελπίδα των αμαρτωλών και να τους καθοδηγήσουν προς τον δρόμο της μετάνοιας που οδηγεί στην επουράνια χαρά. Αυτή η έννοια απεικονίζεται περαιτέρω από τα παραδείγματα του Πέτρου μετά την άρνησή του προς τον Χριστό, του Παύλου μετά τον διωγμό του, της μετανοούσας γυναίκας, του Τελώνη και του Ληστή στον σταυρό. Επομένως, οι πιστοί ενθαρρύνονται, όταν κατακλύζονται από αμαρτία λόγω της ανθρώπινης αδυναμίας, να αναζητήσουν την πνευματική καθοδήγηση της Εκκλησίας. Εξομολογούμενοι τις αμαρτίες τους σε αυτούς τους πνευματικούς θεραπευτές, μπορούν να λάβουν άφεση και μετάνοια, θεραπεύοντας έτσι τις ψυχές τους και προετοιμάζοντας τον εαυτό τους να συμμετάσχουν στο Δείπνο του Κυρίου με καθαρότητα. Αυτό συμφωνεί με τις διδασκαλίες ενός σεβαστού θεολόγου που δήλωσε: «Ο Κύριός μας έχει εμπιστευθεί το φάρμακο της μετάνοιας στους έμπειρους ιερείς της Εκκλησίας. Όσοι πλήττονται από την επίδραση της αμαρτίας του Σατανά πρέπει να παρουσιάσουν τις πληγές τους στους μαθητές του Σοφού Ιατρού για πνευματική θεραπεία». Τέτοια θεραπεία και συγχώρεση είναι αποτελεσματικές όταν προσεγγίζονται με γνήσια πίστη.

Το Άγιο Προζύμι, γνωστό ως «Μάλκα» στην Ασσυριακή Εκκλησία της Ανατολής, έχει σημαντική θρησκευτική και συμβολική σημασία. Αυτή η ιερή ουσία πιστεύεται ότι αποτελεί έναν συνεχή, υλικό σύνδεσμο με τον Μυστικό Δείπνο του Ιησού Χριστού και την αποστολική εποχή. Παραδοσιακά, το Άγιο Προζύμι είναι μια μικρή ποσότητα αλεύρου που καθαγιάζεται και κατόπιν αναμειγνύεται με φρέσκο ζυμάρι κατά την προετοιμασία του Ευχαριστιακού άρτου. Η προέλευση του Αγίου Προζυμιού αποδίδεται στους ίδιους τους Αποστόλους, οι οποίοι, σύμφωνα με την παράδοση, το έλαβαν απευθείας από τον Χριστό. Λέγεται ότι οι Απόστολοι Θωμάς και Βαρθολομαίος, μαζί με τον Αδδαί και τον Μάρι, μετέφεραν αυτή την παράδοση στις εκκλησίες της Ανατολής. Το Άγιο Προζύμι χρησιμεύει ως σύμβολο συνέχειας και ενότητας με την πρώτη Εκκλησία και θεωρείται απαραίτητο για την ορθή καθαγίαση της Θείας Ευχαριστίας. Αντιπροσωπεύει την πνευματική παρουσία και τις ευλογίες του Χριστού και των Αποστόλων στις Ευχαριστιακές τελετές. Κάθε φορά που παρασκευάζεται Ευχαριστιακός άρτος, ένα μικρό κομμάτι από την προηγούμενη παρτίδα Αγίου Προζυμιού ενσωματώνεται στη νέα παρτίδα, διατηρώντας έτσι μια άμεση και αδιάκοπη συνέχεια έως την Αποστολική εποχή. Η χρήση του Αγίου Προζυμιού στην Ασσυριακή Εκκλησία της Ανατολής υπογραμμίζει τη σημασία της παράδοσης και της ιστορικής συνέχειας στη χριστιανική λατρεία και αναδεικνύει τον βαθύ σύνδεσμο της Εκκλησίας με τις πρώιμες ρίζες της.

Αυτό το μοναδικό μυστήριο, αποκλειστικό στην Εκκλησία μας, χρησιμεύει ως εναλλακτική του γάμου, ο οποίος δεν θεωρείται ένα από τα Επτά Μυστήρια (αν και είναι μυστηριακής φύσης). Η κατηγοριοποίηση του σημείου του Σταυρού ως μυστηρίου έχει προκαλέσει μεγάλη περιέργεια. Ο Μαρ Αβδίσο το χαρακτηρίζει ως τέτοιο, δηλώνοντας ότι «ο Σταυρός είναι αυτός με τον οποίο οι χριστιανοί προστατεύονται συνεχώς, και μέσω αυτού, όλα τα άλλα μυστήρια ολοκληρώνονται και σφραγίζονται». Ωστόσο, τα γραπτά του ίδιου του Μαρ Αβδίσο συμβάλλουν στην αμφισημία γύρω από αυτό το μυστήριο. Στο Μέμρα 4, όπου αναπτύσσει τα άλλα μυστήρια, παραλείπει εκπληκτικά μια λεπτομερή συζήτηση για αυτό. Προσθέτοντας στη σύγχυση, στο ίδιο Μέμρα υπό τον τίτλο «Γάμος και Παρθενία», συζητά μόνο μυστήρια, ωστόσο αναφέρεται στη «λατρεία του Σταυρού του Κυρίου» σε ξεχωριστό Μέμρα. Ο Μαρ Αβδίσο υπογραμμίζει τη σημασία του Σταυρού, σημειώνοντας ότι οι Απόστολοι τελούσαν θαύματα και χειροτονούσαν την ιεροσύνη μέσω αυτού, και ότι είναι αναπόσπαστο μέρος των μυστηρίων της Εκκλησίας. Παραθέτει τον Απόστολο Παύλο: «Το κήρυγμα του Σταυρού είναι μωρία για όσους χάνονται, αλλά για εμάς που σωζόμαστε είναι δύναμη Θεού». Ο Μαρ Αβδίσο διαβεβαιώνει ότι ο Σταυρός είναι κεντρικός στη χριστιανική πίστη, συμβολίζοντας την ανακαίνιση και την παγκόσμια σωτηρία. Το σημείο του Σταυρού αναμένεται να εμφανιστεί στους ουρανούς κατά τη Δευτέρα Παρουσία του Κυρίου. Ενώ ο Μαρ Αβδίσο υπερασπίζεται την προσκύνηση του Σταυρού, διασαφηνίζει ότι η λατρεία δεν κατευθύνεται προς τον υλικό Σταυρό αυτόν καθαυτόν, αλλά προς τη μορφή που αντιπροσωπεύει και, πάνω απ' όλα, προς τον Θεό, ο οποίος θυσίασε τον Υιό Του στον Σταυρό για τη λύτρωσή μας, προσφέροντας αιώνια ζωή στους άξιους. Σε αυτό το πλαίσιο, είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι ο Σταυρός είναι το μοναδικό σεβαστό σύμβολο στην Ασσυριακή Εκκλησία της Ανατολής. Σε αντίθεση με άλλες παραδόσεις, η Εκκλησία δεν χρησιμοποιεί εσταυρωμένους ή εικόνες επάνω στον Τίμιο Σταυρό. Παρ' όλα αυτά, ο Σταυρός τιμάται και ασπάζεται τόσο στις εκκλησίες όσο και στα σπίτια, συμβολίζοντας βαθύ πνευματικό σεβασμό.